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次世代シーケンス
メタゲノム解析
メタゲノム解析
PictBioのメタゲノム解析とは
メタゲノム解析とは複数生物種のゲノムを同時に読んで解析を行う計算になります。特に環境サンプルからすべてのゲノムDNAを取得するには、次世代シーケンサー（NGS）の特徴である大量データ取得を生かした解析となります。
PictBioの受託解析では、この複数生物のDNA配列が混在しているデータから細菌叢調査を行い、環境間の差を見やすくなるような結果表示を致します。また、カスタマイズな解析として環境群の差異の絞り込みも可能です。
PictBioの受託解析では、この複数生物のDNA配列が混在しているデータから細菌叢調査を行い、環境間の差を見やすくなるような結果表示を致します。また、カスタマイズな解析として環境群の差異の絞り込みも可能です。
取扱解析
アンプリコンシーケンス
16SrRNA等の指標となる配列部のみシーケンスを行うことで、少ないデータ量から細菌叢解析を行います。サンプリング数が多い場合に最適です。OTU解析によりデータベースで分類できないクラスターを得ることも可能です。
ショットガンシーケンス
全ゲノム配列のシーケンスを行うことで、大量の情報を得ることが可能です。計算時間が大量に必要となりますが、細菌叢集計においてアンプリコンシーケンスに比べてバイアスがかかりにくくなっております。
メタトランスクリプトームシーケンス
環境内のRNAをすべて取得することで、環境内での遺伝子発現の相関を見ることができます。
解析例
16SrRNAメタゲノム解析ではOTU解析を行い。それぞれのOTU配列を使ってデータベースに対してBLAST検索を行います。
Clustering tree
環境間の類似度をクラスタリングツリーで表現します。
環境間の類似度をクラスタリングツリーで表現します。
Heat map
環境間の類似度を色のタイルで表現します。
環境間の類似度を色のタイルで表現します。
NMDS
環境間の類似度を二次元プロットで表現します。
環境間の類似度を二次元プロットで表現します。
Rarefaction curve
各環境のデータ量が適正かどうかの判断に使用します。
各環境のデータ量が適正かどうかの判断に使用します。